- Jednostki Działalności Naukowej – podległe Zastępcy Dyrektora ds. Naukowych
- Jednostki Działalności Leczniczej – podległe Zastępcy Dyrektora ds. Klinicznych prof. dr hab. n. med. Andrzejowi Kaweckiemu
- Jednostki Działalności Leczniczej – podległe Zastępcy Dyrektora ds. Lecznictwa Otwartego prof. dr hab. n. med. Lucjanowi Wyrwiczowi
- Jednostki Działalności Administracyjnej – podległe Zastępcy Dyrektora ds. Administracji i Inwestycji mgr Marcinowi Ozygale
- Jednostki Działalności Administracyjnej – podległe Zastępcy Dyrektora ds. Zarządzania mgr Milenie Witczak
- Jednostki Działalności podległe Zastępcy Dyrektora ds. Narodowej Strategii Onkologicznej i Badań Klinicznych prof. dr hab. n. med. Piotrowi Rutkowskiemu
- Pełnomocnicy Dyrektora – podlegli bezpośrednio Dyrektorowi prof. dr hab. n. med. Janowi Walewskiemu
- Pozostałe Jednostki – podległe bezpośrednio Dyrektorowi prof. dr hab. n. med. Janowi Walewskiemu
- Oddział w Gliwicach
- Oddział w Krakowie