- Jednostki Działalności Naukowej – podległe Zastępcy Dyrektora ds. Naukowych dr hab. n. med. Annie Czarneckiej
- Jednostki Działalności Leczniczej – podległe Zastępcy Dyrektora ds. Klinicznych prof. dr hab. n. med. Andrzejowi Kaweckiemu
- Jednostki Działalności Leczniczej – podległe Zastępcy Dyrektora ds. Lecznictwa Otwartego i Rozliczeń Świadczeń Zdrowotnych dr n. med. Beacie Jagielskiej
- Jednostki Działalności Administracyjnej – podległe Zastepcy Dyrektora ds. Zarządzania
- Pełnomocnicy Dyrektora – podlegli bezpośrednio Dyrektorowi
- Pozostałe Jednostki – podległe bezpośrednio Dyrektorowi
- Oddział w Gliwicach
- Oddział w Krakowie