Zakład Immunologii (data aktualizacji: 3 kwietnia 2020)

Pracownia Immunologii Komórkowej

Pracownia Hodowli Komórkowych

Lider grupy badawczej (kierownik zakładu/samodzielny pracownik nauki):

dr hab. Magdalena CHECHLIŃSKA, prof. inst. – kierownik Zakładu

dr hab. Jan Konrad SIWICKI, prof. inst. – kierownik Pracowni Immunologii Komórkowej

dr Joanna MIŁOSZEWSKA ­ kierownik Pracowni Hodowli Komórkowych

Członkowie zespołu (też asystenci/doktoranci/magistranci/technicy):

inż. Grzegorz CHOJNOWSKI

mgr Mariusz KULIŃCZAK

dr Agata KURZYK

st. techn. Anna LEONOWICZ

lic. Paulina MACHNACKA

dr Joanna MOES-SOSNOWSKA

mgr Joanna PARADA

dr Maria SROMEK

mgr Laura SZAFRON

dr Łukasz SZAFRON

Anna SZULCZYK

mgr Michalina ZAJDEL

Tematyka badawcza:

I. mikroRNA jako biomarkery nowotworowe, w tym:

  • w diagnostyce różnicowej agresywnych chłoniaków nie-Hodgkina z komórek B: BLL, 11q vs. BL vs. DLBCL
  • w diagnostyce pierwotnych chłoniaków nie-Hodgkina ośrodkowego układu nerwowego
  • w niedrobnokomórkowym raku płuca

II. Charakterystyka molekularna guzów endometrium i ich morfologicznie prawidłowego otoczenia

III.  Plastyczność fenotypu komórek nowotworowych w kontekście poszukiwania nowych terapii: ocena zmian ekspresji genów, fenotypu i funkcji komórek nowotworowych pod wpływem leków ukierunkowanych na komórki inicjujące nowotwór

Mikrośrodowisko guzów jajnika

  • Charakterystyka molekularna i immunologiczna guzów granicznych i raków jajnika w kontekście odpowiedzi na leczenie i złośliwej transformacji guzów granicznych. Analiza mikrośrodowiska granicznych i złośliwych guzów jajnika pod kątem genotypu, metylacji DNA, ekspresji genów kodujących białka i lncRNA.
  • Analiza klinicznego znaczenia i funkcji transkryptów długich niekodujących RNA w guzach jajnika
  • Badanie funkcji i klinicznego znaczenia CRNDEP – mikropeptydu odkrytego przez pracowników Zakładu Immunologii, którzy wcześniej opublikowali w GeneBank również sekwencję pierwszych kompletnych transkryptów CRNDE

 

Projekty realizowane ze źródeł wewnętrznych i zewnętrznych:

Lp. Imię i Nazwisko kierownika grantu Tytuł grantu Okres realizacji
Fundacja im. hr Jakuba Potockiego
1 Dr hab. Jan Konrad Siwicki „Profil mikroRNA w osoczu chorych na niedrobnokomórkowego raka płuca przed leczeniem i po usunięciu guza” 2019–2021
2 dr Łukasz Szafron „Ocena klinicznego znaczenia zmian liczby kopii genu CEBPA oraz ich wpływu na przeżycie i odpowiedź na leczenie u pacjentek z rakiem jajnika” 2019–2021
NCN
1 dr Łukasz Szafron “Analiza molekularna genu CRNDE oraz próba oszacowania funkcji i klinicznego znaczenia nowo odkrytego mikropeptydu kodowanego przez ten gen” 2017–2020
2 mgr Anna Balcerak

(współpraca)

„Badanie wpływu ekspresji genu CRNDE oraz jego nowo odkrytego produktu białkowego na wybrane aspekty procesu nowotworzenia. Próba określenia jego wpływu na proliferację, roli związanej z lokalizacją centrosomalną oraz identyfikacji partnerów białkowych” 2016–2020
Granty wewnętrzne
1 Dr hab. Magdalena Chechlińska “Analiza ekspresji długich niekodujących RNA (ang. long non-coding RNA, lncRNA) w rakach jajnika, jako potencjalnych, nowych markerów wczesnej diagnostyki, wskaźników rokowniczych i predykcyjnych” 2020–2021
2 Dr hab. Jan Konrad Siwicki “Zintegrowana analiza zmian molekularnych w morfologicznie prawidłowych komórkach w otoczeniu guza w raku trzonu macicy w poszukiwaniu nowych biomarkerów onkologicznych” 2020–2021
3 Dr hab. Piotr Sobiczewski

(współpraca)

“Charakterystyka molekularna metylomów guzów granicznych jajnika oraz wysoko i nisko zróżnicowanych raków jajnika typu surowiczego” 2020–2021
4 Prof. Jolanta Kupryjańczyk

(współpraca)

„Eksploratywna (jakościowa) analiza eksomu germinalnego DNA w poszukiwaniu predyspozycji do zachorowania na raka śluzowego jajnika u pacjentek poniżej 35 roku życia” 2020–2021
5 dr Beata Grygalewicz

(współpraca)

„Różnicowanie agresywnych chłoniaków B-komórkowych (B-NHL) poprzez określenie wzoru zmian molekularnych w obrębie cytogenetycznie zdefiniowanych, diagnostycznie użytecznych aberracji: 1) duplikacji/delecji (11q) [dup/del(11q)] oraz 2) insercji w locus genów MYC i IGH. Ocena profilu mutacyjnego przypadków z dup/del(11q) w kontekście rearanżacji /powielania genu MYC”. 2020–2021

Realizowane zadania statutowe:

Kierownik: M. Chechlińska. Poszukiwanie transkryptów o istotnej roli w guzach jajnika jako potencjalnych, nowych wskaźników diagnostycznych, rokowniczych i predykcyjnych.

Kierownik: J. K. Siwicki. Badania nad wykorzystaniem mikroRNA, jako biomarkerów nowotworowych.

  • Profil ekspresji mikroRNA i mRNA w chłoniaku Burkitta (BL) oraz w chłoniaku podobnym do chłoniaka Burkitta z aberracjami w chromosomie 11 (BLL, 11q).
  • Profil mikroRNA w osoczu chorych na niedrobnokomórkowego raka płuca przed leczeniem i po usunięciu guza.

Kierownik: J. Kupryjańczyk Analiza somatycznych zmian genetycznych i predyspozycji dziedzicznych oraz poszukiwanie molekularnych markerów diagnostycznych, prognostycznych i predykcyjnych u pacjentek z rakiem jajnika.

 

Najważniejsza aparatura badawcza:

Wyposażenie do hodowli komórkowych

Banki do przechowywania komórek w ciekłym azocie

Aparatura do PCR, qPCR

Kriostat HM 525NX (ThermoScientific)

Cyfrowy sorter komórkowy BD FACSAria™ III

Cytometr przepływowy BD FACSCalibur

 

Stosowane i rozwijane metody badawcze:

1. Hodowle komórek in vitro (kom. przylegające, rosnące w zawiesinie, hodowle 3D), w tym:

  • prawidłowych i nowotworowych
  • pierwotnych z tkanek
  • ustalonych linii
  • w warunkach normoksji i hipoksj
  • różnicowanie i barwienie komórek w kierunku adipogenezy, chondrogenezy i osteogenezy, stymulacja angiogenezy w hodowli mieszanej

2. Izolacja mezenchymalnych komórek macierzystych z tkanki tłuszczowej

3. Praca na zwierzętach doświadczalnych

4. Test ALP (aktywność fosfatazy alkalicznej)

5. Praca z biomateriałami (polikaprolakton PCL, PCL+5%TCP)

6. Testowanie linii komórkowych na zakażenie Mycoplasma

7. Testy: klonogenności, migracji i inwazyjności komórek

8. Sortowanie komórek, w tym transfektantów i rekombinantów, i oznaczenia cytometryczne w sorterze cyfrowym ARIAIII

9. Cytometria przepływowa w aparacie FACSCalibur

10. Izolacja subpopulacji komórek: separacja magnetyczna komórek oraz rozdział wirowaniem na gradientach gęstości

11. Oznaczanie cytotoksyczności związków chemicznych techniką MTT

12. Transfekcja komórek za pomocą elektroporacji oraz m.in. lipofektaminy

13. Western blot, RTqPCR, elektroforeza pionowa i pozioma, izolacja DNA, RNA (w tym miRNA) oraz sekwencjonowanie metodą Sangera, ELISA

14. Oznaczenia ekspresji mikroRNA techniką RT-qPCR w świeżo mrożonych tkankach, materiale biopsyjnym, materiale z bloczków parafinowych, płynach ustrojowych (osocze, płyn mózgowo-rdzeniowy), liniach komórkowych

15. Przygotowywanie bibliotek RNA i DNA do sekwencjonowania nowej generacji (NGS)

16. Obróbka materiału klinicznego do badań molekularnych (kriostat)

17. Analiza bioinformatyczna, pakiet SAS i oprogramowanie „R”, badania in silico

18. Ocena metylacji promotorów z użyciem konwersji bisulfidowej wraz z sekwencjonowaniem metodą Sangera

19. Celowana edycja genomu z wykorzystaniem techniki CRISPR/Cas9

20. Ocena zmienności liczby kopii genów za pomocą RTqPCR, cyfrowego PCR i FISH

 

Rozwijamy współpracę z jednostkami naukowymi w kraju i zagranicą:

  • NIO – PIB:
  • Klinika Nowotworów Układu Chłonnego
  • Klinika Nowotworów Płuca i Klatki Piersiowej
  • Klinika Ginekologii Onkologicznej
  • Zakład Patologii i Diagnostyki Laboratoryjnej wraz z Pracownią Cytometrii Przepływowej i Pracownią Diagnostyki Genetycznej i Molekularnej
  • Zakład Genetyki
  • WUM
  • Michael Ostrowski laboratory, dawniej: The Ohio State University Comprehensive Cancer Center, Columbus, OH, USA, obecnie: Medical University of South Carolina w Charlestone, USA
  • IBB, PAN
  • Instytut Nenckiego PAN
  • CENT, UW
  • Instytut Psychiatrii i Neurologii
  • IP CZD
  • Zakład Genetyki i Immunologii Klinicznej, IGICHP
  • szpital MSWiA

W okresie 2017-2019 pracownicy zakładu (zaznaczeni czcionką pogrubioną) opublikowali 21 PRAC pełnotekstowych o łącznym IF=97.639:

  1. Moes-Sosnowska J, Rzepecka IK, Chodzynska J, Dansonka-Mieszkowska A, Szafron LM, Balabas A, Lotocka R, Sobiczewski P, Kupryjanczyk J. Clinical importance of FANCD2, BRIP1, BRCA1, BRCA2 and FANCF expression in ovarian carcinomas. Cancer Biol Ther 2019;20:843-854. [IF=2.879]
  2. Trebinska-Stryjewska A, Szafron L, Rembiszewska A, Wakula M, Tabor S, Sienkiewicz R, Owczarek J, Balcerak A, Felisiak-Golabek A, Grzybowska EA. Cytoplasmic HAX1 is an Independent Risk Factor for Breast Cancer Metastasis. J Oncol 2019;10; 6375025. [IF=3.571]
  3. Yang Y, Wu L, […] Szafron LM, […] Long J. Genetic data from nearly 63,000 women of European descent predicts DNA methylation biomarkers and epithelial ovarian cancer risk. Cancer Res 2019;79:505-517. [IF=8.378]
  4. Kotlarz A, Przybyszewska M, Swoboda P, Neska J, Miłoszewska J, Grygorowicz MA, Kutner A, Markowicz S. Imatinib inhibits the regrowth of human colon cancer cells after treatment with 5-FU and cooperates with vitamin D analogue PRI-2191 in the downregulation of expression of stemness-related genes in 5-FU refractory cells. J Steroid Biochem Mol Biol. 2019;189:48-62. [IF=3.785]
  5. Zajdel M#, Rymkiewicz G#, Sromek M, Cieslikowska M, Swoboda P, Kulinczak M, Goryca K, Bystydzienski Z, Blachnio K, Ostrowska B, Borysiuk A, Druzd-Sitek A, Walewski J, Chechlinska M*, Siwicki JK*: Tumor and cerebrospinal fluid microRNAs in primary central nervous system lymphomas. Cancers (Basel). 2019 Oct 25;11(11). pii: E1647. doi: 10.3390/cancers11111647 (# contributed equally; *co-senior authorship) [IF=6.102]
  6. Kurzyk A, Ostrowska B, Święszkowski W, Pojda Z. Characterization and optimization of seeding process of adipose stem cells on the polycaprolactone scaffolds. Stem Cells Intl 2019:1201927 doi: 10.1155/2019/1201927 [IF=3.902]
  7. Kurzyk A, Dębski T, Święszkowski W, Pojda Z. Comparison of adipose stem cells sources from various locations of rat body for their application for seeding on polymer scaffolds. J Biomaterials Sci: Polymer Edition, 2019, 30: 376-397. [IF=2.121]
  8. Dansonka-Mieszkowska A., Szafron Ł, Moes-Sosnowska J, Kulińczak M, Balcerak A, Konopka B, Kulesza M, Budziłowska A, Łukasik M, Piekarska U, Rzepecka I, Parada J, Zub R, Pieńkowska-Grela B, Mądry R, Siwicki J K, Kupryjańczyk J. Clinical importance of the EMSY gene expression and polymorphisms in ovarian cancer. Oncotarget 2018;9:17735-17755
  9. Zalewski K, Benke M, Mirocha B, Radziszewski J, Chechlinska M*, Kowalewska M*. Technetium-99m-based radiopharmaceuticals in Sentinel Lymph Node Biopsy: Gynecologic Oncology Perspective. Curr Pharm Des 2018;24:1652-1675 (*co-senior authorship). [IF=2.412]
  10. Chechlińska M. Rola cytokin w rozwoju nowotworów. w: Zarys Ginekologii Onkologicznej, tom I, str: 125-146, red. J. Markowska i R. Mądry. wyd: Termedia, Poznań 2018
  11. Ong JS, Hwang LD, [….] Moes-Sosnowska J, Szafron LM, [….] Mc Gregor S. Assessment of moderate coffee consumption and risk of epithelial ovarian cancer: a Mendelian randomization study. Int J Epidemiol 2018;47:450-459. [IF=7.339]
  12. Chechlinska M. Hamowanie mechanizmów blokujących odpowiedź immunologiczną jako nowa terapia przeciwnowotworowa – Nagroda Nobla w dziedzinie fizjologii lub medycyny w roku 2018. Med Prakt 2018;12:110-115.
  13. Kaczmarek-Ryś M, Ziemnicka K, Pławski A Budny B, Michalak M, HryhorowiczSz, Hoppe-Gołebiewska J, Borun P, Gołąb M, Czetwertynska M, Sromek M, Szalata M, Ruchala M, Słomski R. Modifying impact of RET gene haplotypes on medullary thyroid carcinoma clinical course. Endocr Relat Cancer 2018;25:421-436. [IF=4.774]
  14. Rymkiewicz G, Grygalewicz B, Chechlińska M, Błachnio K, Bystydzieński Z, Romejko-Jarosińska J, Woroniecka R, Zajdel M, Domańska-Czyż K, Da Martin-Garcia D, Nadeu F, Swoboda P, Rygier J, Pieńkowska-Grela B, Siwicki JK, Prochorec-Sobieszek M, Salaverria I, Siebert R, Walewski J. A comprehensive flow-cytometry-based immunophenotypic characterization of Burkitt-like lymphoma with 11q aberration; Modern Pathol 2018,31,732–743. [IF=6.365]
  15. Grygorowicz M, Borycka I, Nowak E, Paszkiewicz-Kozik E, Rymkiewicz G, Bachnio K, Biernacka M., Bujko M, Walewski J, Markowicz S. Lenalidomide potentiates CD4(+)CD25(+)Treg-related suppression of lymphoma B-cell proliferation. Clin Exp Med 2017;17:193-207. [IF=2.787]
  16. Przybyszewska M, Miłoszewska J, Kotlarz A, Swoboda P,Pyśniak K, Szczepek W, Kaczmarek L, Markowicz S. Imatinib Inhibits the Renewal and Tumorigenicity of CT-26 Colon Cancer Cells after Cytoreductive Treatment with Doxorubicin. Arch Immunol Ther Exp 2017;65:51-67. [IF=3.018]
  17. Sromek M, Czetwertyńska M, Tarasińska M, Janiec-Jankowska A, Zub R, Ćwikła M, Nowakowska D, Chechlińska M. Analysis of Newly Identified and Rare Synonymous Genetic Variants in the RET Gene in Patients with Medullary Thyroid Carcinoma in Polish Population. EndocrPathol 2017;28:198-206. [IF=2.541]
  18. Sromek M,Głogowski M, Chechlińska M, Kulińczak M, Szafron Ł, Zakrzewska K, Owczarek J, Wiśniewski P, Włodarczyk R, Talarek Ł, Turski M, Siwicki JK. Changes in plasma miR-9, miR-16, miR-205 and miR-486 levels after non-small cell lung cancer resection. Cell Oncol (Dordr) 2017;40:529-536. [IF=4.761]
  19. Phelan C, Kuchenbaecker K, Tyrer J, Kar S, Lawrenson K, Dansonka-Mieszkowska, Kupryjańczyk J, Lissowska J, Moes Sosnowska J, Szafron Ł. Identification of 12 new susceptibility loci for different histotypes of epithelial ovarian cancer. Nature Gen 2017;49:680-691. [IF=27.125]
  20. Rzepecka I, Szafron Ł, Stys A, Felisiak-Gołąbek A, Podgórska A, Timorek A, Sobiczewski P, Pieńkowska-Grela B, El-Bahrawy M, Kupryjańczyk J. Prognosis of patients with BRCA1-associated ovarian carcinomas depends on TP53 accumulation status in tumor cells. Gynecol Oncol 2017;144:369-376. [IF=4.540]
  21. Balcerak A, Rowinski S., Szafron Ł, Grzybowska E. The calcium binding properties and structure prediction of the Hax-1 protein. Acta Biochim Pol 2017;64:537-542. [IF=1.239]

Organizacja i udział w konferencjach

Pracownicy Zakładu od 2017 roku brali udział w organizacji ponad 10 międzynarodowych i krajowych konferencji oraz prezentowali swoje wyniki w postaci 28 ustnych i plakatowych doniesień zjazdowych oraz wykładów na zaproszenie.

W czerwcu 2019 roku dr hab. n. med. Magdalena Chechlińska, prof. inst., na zaproszenie
prof. Iana A. Cree, BMSc, MBChB, PhD, FRCPath, szefa klasyfikacji nowotworów WHO, była gościem IACR (International Agency for Research on Cancer, WHO), gdzie wygłosiła wykład, w którym zaprezentowała wyniki zakładu i zagadnienia z zakresu problematyki zmian molekularnych w tkankach prawidłowych u chorych na nowotwory.

Inna działalność o charakterze merytorycznym

  1. M. Chechlińska:
  • przewodnicząca Rady Naukowej Centrum Zdrowia Dziecka w Warszawie
  • Członek Rady Naukowej Centrum Onkologii – Instytutu im. M. Skłodowskiej-Curie
  • Członek Rady Głównej Instytutów Badawczych
  • redaktor naczelny Tumor Biology, redaktor prowadzący BMC Cancer, członek redakcji Contemporary Oncology.

Członkostwo w organizacjach naukowych

Pracownicy Zakładu są członkami krajowych i międzynarodowych towarzystw naukowych, takich jak: Polskie Towarzystwo Immunologii Klinicznej i Doświadczalnej, Polskie Towarzystwo Biologii Komórki, Polskie Towarzystwo Genetyki Człowieka, Polskie Towarzystwo Diagnostyki Laboratoryjnej, Krajowa Izba Diagnostów Laboratoryjnych, International Society of Oncology and Biomarkers, European Association for Cancer Research, w tym 2 osoby pełnią funkcje w zarządzie towarzystw.

Działalność dydaktyczna

  • Wykłady m.in. na kursach specjalizacyjnych CMKP, dla doktorantów SMM
  • Prowadzenie prac magisterskich (współpraca z UW, SGGW i PW)
  • Prowadzenie prac doktorskich
  • Praktyki studenckie, opieka nad wolontariuszami
  • Seminaria zakładowe